home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Internet Info 1994 March / Internet Info CD-ROM (Walnut Creek) (March 1994).iso / answers / news / acedb-faq < prev    next >
Internet Message Format  |  1994-04-06  |  34KB
  1. Path: bloom-beacon.mit.edu!hookup!swrinde!ihnp4.ucsd.edu!dog.ee.lbl.gov!overload.lbl.gov!acedbfaq
  2. From: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov (ACEDB FAQ Pseudouser)
  3. Newsgroups: bionet.software.acedb,news.answers
  4. Subject: ACEDB Genome Database Software FAQ
  5. Followup-To: bionet.software.acedb
  6. Date: 6 Apr 1994 21:22:09 GMT
  7. Organization: Dendrome, A genome database for forest trees
  8. Lines: 878
  9. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  10. Message-ID: <2nv961$82i@overload.lbl.gov>
  11. Reply-To: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  12. NNTP-Posting-Host: s27w007.pswfs.gov
  13. Summary: Frequently Asked Questions about finding and getting
  14.  started with the database system ACEDB.  ACEDB is used
  15.  to collect information regarding the molecular biology
  16.  of the genome.
  17. Archive-name: acedb-faq
  18. Last-modified: 4/6/94
  19. Version: 1.10
  20. Xref: bloom-beacon.mit.edu bionet.software.acedb:173 news.answers:17747
  21.  
  22.  
  23. ----------------------------------------------------------------------
  24.  
  25.  
  26.     Common Questions, with Answers, about ACEDB.
  27.  
  28.    
  29. Q0:  What is ACEDB? 
  30. Q1:  What is the current version of ACEDB? 
  31. Q2:  What hardware/software do I need to run ACEDB? 
  32. Q3:  Where can I get ACEDB? 
  33. Q4:  What ACEDB databases exist? 
  34. Q5:  !What written documentation exists for ACEDB? 
  35. Q6:  Where can I find further information about ACEDB? 
  36. Q7:  How should ACEDB be cited? 
  37. Q8:  Is ACEDB object-oriented? 
  38. Q9:  What's all this about Gopher|WAIS|ftp|WWW|URL ... 
  39. Q10: How can I get on/off the ACEDB announcements mailing list? 
  40. Q11: When and where is the next ACEDB Workshop? 
  41. Q411:!Who prepared this document & where is the current version? 
  42.   
  43.     Questions marked with + are new, those with !
  44.     have substantially changed answers.
  45.  
  46. ----------------------------------------------------------------------
  47. Q0:  What is ACEDB?
  48.  
  49.  
  50. A0:  ACEDB is an acronym for A Caenorhabditis elegans Database.  It can
  51.      refer to a database and data concerning the nematode C. elegans,
  52.      or to the database software alone.  This document is concerned
  53.      primarily with the latter meaning.  ACEDB is being adapted by many
  54.      groups to organize molecular biology data about the genomes of
  55.      diverse species [see Q4].
  56.  
  57.      ACEDB allows for automatic cross-referencing of items during
  58.      loading and allows for hypertextual navigation of the links
  59.      using a graphical user interface and mouse.  Certain special
  60.      purpose graphical displays have been integrated into the
  61.      software.  These reflect the needs of molecular biologists
  62.      in constructing genetic and physical maps of genomes.
  63.  
  64.      ACEDB was written and developed by Richard Durbin (MRC LMB
  65.      Cambridge, England) and Jean Thierry-Mieg (CNRS, Montpellier,
  66.      France), beginning circa 1990.  It is written in the C programming
  67.      language and uses the X11 windowing system to provide a platform
  68.      independent graphical user interface.  The source code is publicly
  69.      available [See Q3].  Durbin & Thierry-Mieg continue to develop
  70.      the system, with contributions from other groups including
  71.      Lawrence Berkeley Laboratory and the European integrated Genome
  72.      Project.
  73.  
  74.      A description by Durbin & Thierry-Mieg:
  75.          ACEDB does not use an underlying relational database
  76.          schema, but a system we wrote ourselves in which data
  77.          are stored in objects that belong in classes.  This is
  78.          nevertheless a general database management system using
  79.          caches, session control, and a powerful query language.
  80.          Typical objects are clones, genes, alleles, papers,
  81.          sequences, etc.  Each object is stored as a tree,
  82.          following a hierarchical structure for the class (called
  83.          the "model").  Maps are derived from data stored in tree
  84.          objects, but precomputed and stored as tables for
  85.          efficiency.  The system of models allows flexibility
  86.          and efficiency of storage -missing data are not stored.
  87.          A major advantage is that the models can be extended
  88.          and refined without invalidating an existing database.
  89.          Comments can be added to any node of an object.
  90.  
  91. ----------------------------------------------------------------------
  92. Q1:  What is the current version of ACEDB?
  93.  
  94.  
  95. A1:  As of January 1994, ACEDB has undergone a bifurcation.  Those
  96.      involved with C. elegans will want to to track the 2.x series
  97.      under the stewardship of Richard Durbin and all other groups
  98.      should probably track the 3.x series of Jean Thierry-Mieg.
  99.      Thierry-Mieg writes "... 2 and 3 differ only at the level of
  100.      displays ..."  Version 2.0 was released in December, 1993 and
  101.      version 3.0 was released in January, 1994.
  102.  
  103.      To retrieve the software see Q3.
  104.  
  105.      To be kept informed of new releases see Q10.
  106.  
  107.      [This question refers to the software not the C. elegans data.]
  108.  
  109. ----------------------------------------------------------------------
  110. Q2:  What hardware/software do I need to run ACEDB?
  111.  
  112.  
  113. A2:
  114.  
  115.      Unix and X11:
  116.         
  117.           Any machine running SunOS 4.x
  118.           SPARCstation 10 under Solaris [Probably all Solaris, then --bks]
  119.           DEC  DECstation3100, 5100 etc.
  120.           DEC  Alpha/OSF-1
  121.           Silicon Graphics Iris series
  122.           PC 386/486 with Linux (free Unix)
  123.           There exist, or have existed, ports onto Alliant, Hewlett-
  124.            Packard, IBM R6000, Convex.   You may have to contact
  125.            the developer responsible for the port to make these real.
  126.           NeXT: contact Patrick Phillips at University of Texas,
  127.            NeXTmail: patrick@wbar.uta.edu
  128.            phil@decster.uta.edu
  129.          
  130.     MSDOS/Windows/NT:
  131.          
  132.         A port to NT is rumored to be in the works.
  133.          
  134.     Macintosh:
  135.          
  136.         A port to the Macintosh may become available real soon now.
  137.         Beta versions of this *might* be found at the ACE archives.
  138.         See Q3. 
  139.         Here is a note from Richard Durbin:
  140.            There is now a tested Macintosh version.
  141.            You need a Macintosh with >16Mb of memory
  142.            and a decent monitor.  You also need some
  143.            way of obtaining the files from an ftp site
  144.            (e.g. NCSA telnet, Versaterm Pro...) and
  145.            Stuffit Deluxe, which I am told costs $65
  146.            in the USA, and is useful anyway for
  147.            compressing/decompressing files.  It turns
  148.            out that Stuffit Deluxe can decompress Unix
  149.            .tar.Z archive files.  Frank Eeckman has now
  150.            made available a .tar.Z archive of a complete
  151.            C. elegans ACEDB database, with updates already
  152.            read in.  Ftp to genome.lbl.gov, folder
  153.            pub/macace, and follow the instructions in
  154.            README.  Thank you Frank.
  155.  
  156.  
  157.     For cost savings, a combination of a high-end Intel platform
  158.     with Linux appears very attractive.
  159.  
  160.     Here at the Institute of Forest Genetics we run ACEDB on a 
  161.     Sun Microsystems SPARCstation II, and users can interact
  162.     using Macintoshes and PC-clones by using X11 implementations
  163.     for the personal computers and a LAN.  [This section should
  164.     be expanded to have a more thorough discussion of X11
  165.     interactions.  --bks]
  166.  
  167. ----------------------------------------------------------------------
  168. Q3:  Where can I get ACEDB?
  169.  
  170.  
  171. A3:  All the files are available in the following public access
  172.      accounts (anonymous ftp sites) accessible via Internet:
  173.     
  174.         
  175.         lirmm.lirmm.fr (193.49.104.10) in pub/acedb
  176.         
  177.         
  178.         cele.mrc-lmb.cam.ac.uk (131.111.84.1) in pub/acedb
  179.     
  180.         
  181.         ncbi.nlm.nih.gov (130.14.20.1) in repository/acedb
  182.     
  183.             
  184.             (version 1-10 is available in repository/aatdb)
  185.              
  186.         
  187.         bioinformatics.weizmann.ac.il (132.76.55.12) in
  188.             pub/databases/acedb.
  189.     
  190.     
  191.  
  192.     A typical session would be: 
  193.         ftp ncbi.nlm.nih.gov
  194.         login: anonymous
  195.         password: your email address
  196.         cd repository/acedb/ace3
  197.         binary
  198.         ls
  199.         get README_3
  200.         get NOTES
  201.         get INSTALL
  202.         get bin.sparc.3.0.tar.Z
  203.         quit
  204.     
  205.  
  206. ----------------------------------------------------------------------
  207. Q4:  What ACEDB databases exist?
  208.  
  209.  
  210. A4:  [In alphabetic order by Database name.
  211.          Curators, submit changes as new paragraphs.--bks]
  212.  
  213.      Database : AAnDB-1.0
  214.      Species : Aspergillus nidulans
  215.      PI : Leland Ellis
  216.      Last_update : February 1994
  217.      ACEDB_version : 3.0
  218.      Contact : leland@stralight.tamu.edu
  219.       URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html 
  220.      Comment : defunct, See AGsDB
  221.  
  222.      Database : AAtDB
  223.      Species : Arabidopsis thaliana
  224.      Availability : 
  225.      Curator : John Morris
  226.      Current version: 1-5
  227.      Contact : curator@frodo.mgh.harvard.edu
  228.      Last_update : Sept. 1993
  229.  
  230.      Database : ABtDB-1.0
  231.      Species : Bovine, Bos taurus
  232.      ACEDB_version : 3.0 extended
  233.      PI : Leland Ellis
  234.      Last_update : February 1994
  235.      Contact : leland@stralight.tamu.edu
  236.      URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html
  237.      Comment : defunct, See AGsDB
  238.  
  239.      Database : ACeDB
  240.      Species : Caenorhabditis elegans
  241.      Current version: 2-9
  242.      Curator : Jean Thierry-Mieg
  243.      Curator : Richard Durbin
  244.      Contact : rd@mrc-lmb.cam.ac.uk
  245.      Contact : mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr
  246.      Last_update : March 1994
  247.  
  248.      Database : AceMap
  249.      Species : Homo Sapiens (Saccaromyces Pombe, Mus musculus in development)
  250.      Focus : Physical mapping of human chromosomes X and 21
  251.      Curator : Hugues Roest Crollius
  252.      Contact : hrc@gea.lif.icnet.uk
  253.      PI : Hans Lehrach
  254.      PI : Hugues Roest Crollius
  255.      Last_update : 22 Feb 1994
  256.  
  257.      Database : AGhDB
  258.      Species : Gossipium hirsutum (cotton)
  259.      PI : Russ Klhel
  260.      Curator : Stephanie Crouch
  261.      Last_update : March 1994
  262.      Contact : scrouch@tamsun.tamu.edu
  263.  
  264.      Database : AGsDB  A Genus species Database
  265.      Species : Aspergillus nidulans
  266.      Species : Neurospora crassa
  267.      Species : cow w/ human anchor loci
  268.      Species : cotton (demo)
  269.      Species : Homologs of Aspergillus cell cycle loci
  270.                for budding and fission yeast
  271.      PI : Leland Ellis
  272.      Curator : Leland Ellis
  273.      Last_update : March 1994
  274.      ACeDB_version : 3.0 (beta still), with extensions to the Human
  275.                C21 Models to provide for multiple species, and queries
  276.                between species via Homologs (e.g., cell cycle loci with
  277.                links via Homologs between Aspergillus and budding 
  278.                C. cerevisiae) and fission (S. pombe) yeast);
  279.                interacting loci via defined Interactions for each locus
  280.      Models : as of 3.13.94
  281.      Data : as of 3.13.94
  282.      Revision :  AAnDB for Aspergillus nidulans and ABtDB for Bos taurus
  283.                  (cow) have been folded into AGsDB, and are not being
  284.                  developed futher as individual species databases.
  285.      WWW : WWW-AGsDB is an interface of AGsDB with the World-Wide Web,
  286.            and utilizes the WWW-ACeDB Server (nph-acedb3) of Guy Ducoux
  287.            (ducoux@moulon.inra.fr).
  288.      URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html
  289.      Contact : leland@straylight.tamu.edu
  290.  
  291.      Database : ASbDB
  292.      Species : Sorghum bicolor
  293.      PI : Keith Schertz
  294.      Curator : Stephanie Crouch
  295.      Last_update : March 1994
  296.      Contact : scrouch@tamsum.tamu.edu
  297.  
  298.      Database : ChlamyDB
  299.      Species : Chlamydomonas
  300.      PI : Elizabeth Harris
  301.      Contact : chlamy@acpub.duke.edu
  302.      Availability : Still under construction
  303.      Last_update : 30 Sept. 1993
  304.  
  305.      Database : EcoDB
  306.      Species : E. coli
  307.      PI : Staffan Bergh
  308.      Contact : staffan@biochem.kth.se
  309.      Availability : Still under construction
  310.      Last_update : 11 Oct. 1993
  311.  
  312.      Database : FlyBase
  313.      Species : Drosophila melanogaster
  314.      Availability : gopher or gopher+ ftp.bio.indiana.edu
  315.      Availability : ACeDB-style interface to SyBase server
  316.                     due by end of 1994
  317.      Curator : Edward Welbourne
  318.      Contact : eddy@gen.cam.ac.uk
  319.      Contact : flybase@morgan.harvard.edu
  320.      PI : William Gelbart
  321.      PI : Michael Ashburner
  322.      PI : Thomas Kaufman
  323.      PI : Kathy Matthews
  324.      PI : John Merriam
  325.  
  326.      Database : Flydb
  327.      Species : Drosophila melanogaster
  328.      Availability : by request only, via ftp
  329.      Curator : Suzanna E. Lewis
  330.      Contact : SELewis@lbl.gov
  331.      Focus : STS content mapping project summary
  332.      PI : Gerald Rubin
  333.      PI : Mike Palazzolo
  334.      PI : Dan Hartl
  335.      PI : Alan Spradling
  336.      Last_update : Sept. 1993
  337.  
  338.      Database : GrainGenes
  339.      Species : Wheat, barley, oats, relatives
  340.      Availability : Anonymous ftp from probe.nalusda.gov:pub/grains
  341.      Availability : Gopher greengenes.cit.cornell.edu port 70
  342.      Availability : Gopher probe.nalusda.gov port 7002
  343.      Curator : David E. Matthews
  344.      PI : Olin D. Anderson
  345.      Contact : matthews@greengenes.cit.cornell.edu
  346.      Contact : oandersn@wheat.usda.gov
  347.      URL : gopher://greengenes.cit.cornell.edu/1/
  348.      Data_version : 1.3
  349.      Released : 12 Jan 1994
  350.      Based_on : acedb.1-10
  351.      Availability : See following WWW URL
  352.      URL :  http://probe.nalusda.gov:8000/acedbs/acedbs/graingenes/index.html
  353.      Last_update : Feb. 1994
  354.  
  355.      Database : human.c17
  356.      Species : Homo sapiens
  357.      Availability :  the database is under development
  358.      Contact : lsprilus@weizmann.weizmann.ac.il
  359.      Focus :  mapping & sequencing of Human Chromosome 17
  360.      Based_on: acedb.3-0
  361.      Last_update : Jan. 1994
  362.  
  363.      Database : Mace
  364.      Species : Zea mays L. ssp. mays
  365.      Focus : Maize genome
  366.      Comment : Mace is the front end for maizedb, a relational
  367.                (SYBASE) database. It is updated from maizedb by
  368.                software written by Stan Letovsky.  Maizedb is
  369.                updated daily and will soon be accessible by
  370.                public login.
  371.      Curator : Ed Coe 
  372.      Curator : Pat Byrne
  373.      Curator : Georgia Davis
  374.      Curator : Mary Polacco
  375.      Off-Site Curator : Marty Sachs 
  376.      Off-Site Curator : Christiane Fauron 
  377.      Off-Site Curator : Carolyn Wetzel
  378.      Off-Site Curator : Steve Rodermel 
  379.      Off-Site Curator/Designer : Stan Letovsky 
  380.      Off-Site Curator/Designer : Mary Berlyn 
  381.      Systems Manager : Denis Hancock
  382.      PI : Ed Coe
  383.      Contact : maizedb@teosinte.agron.missouri.edu
  384.      Last_update: 5 October 1993
  385.  
  386.      Database : MycDB
  387.      Species : Mycobacterium
  388.      PI : Staffan Bergh
  389.      PI : Thierry Garnier
  390.      PI : Stewart Cole
  391.      Contact : staffan@biochem.kth.se
  392.      Contact : stcole@pasteur.fr
  393.      Last_update : 18 March 1994
  394.      URL: http://kiev.physchem.kth.se/MycDB.html
  395.      URL: ftp://kiev.physchem.kth.se/pub/MycDB
  396.      URL: ftp://ftp.pasteur.fr/pub/MycDB
  397.  
  398.      Database : RiceGenes
  399.      Species : Rice (O. sative)
  400.      Availability : under development, login at own risk
  401.      Curator : Edie Paul
  402.      Contact : epaul@nightshade.cit.cornell.edu
  403.      Last_update : Sept. 1993
  404.  
  405.      Database : SolGenes
  406.      Coverage: Solanaceae - tomato, potato, pepper (eventually)
  407.      Availability : Beta ACEDB via login or tar file
  408.      Curator : Edie Paul
  409.      Contact : epaul@nightshade.cit.cornell.edu
  410.      Last_update : Sept. 1993
  411.  
  412.      Database : SoyBase
  413.      Species : Soybeans
  414.      Curator :  Lisa Lorenzen
  415.      PI : Randy Shoemaker
  416.      Contact : lorenzen@mendel.agron.iastate.edu
  417.      Last_update : Sept. 1993
  418.  
  419.      Database : TreeGenes
  420.      Species : Forest trees
  421.      Availability : alpha, contact curator
  422.      ACEDB_version : 1-10
  423.      Curator : Bradley K. Sherman
  424.      PI : David B. Neale
  425.      Contact : Dendrome@s27w007.pswfs.gov
  426.      Contact : bks@s27w007.pswfs.gov
  427.      Contact : dbn@s27w007.pswfs.gov
  428.      Last_update : March 1994
  429.      URL : gopher://s27w007.pswfs.gov/
  430.      URL : http://s27w007.pswfs.gov/
  431.      URL : ftp://probe.nalusda.gov/pub/trees
  432.  
  433.      Database : 21Bdb
  434.      Species : Homo sapiens
  435.      Availability : by request, via ftp, gopher
  436.      Curator : Donn F. Davy
  437.      Contact : DFDavy@lbl.gov
  438.      Contact : aggarwal@genome.lbl.gov
  439.      Focus : STS content mapping & sequencing of Human Chromosome 21
  440.      PI : Jasper Rine
  441.      PI : Michael Palazzolo
  442.      PI : Chris Martin
  443.      PI : Jan-Fang Cheng
  444.      Last_update : Sept. 1993
  445.  
  446.      Database : VoxPop
  447.      Species : Populus spp.
  448.      Availability : contact curator
  449.      Curator : Carl G. Riches
  450.      PI : Reinhard F. Stettler
  451.      Contact : cgr@poplar1.cfr.washington.edu
  452.      Contact : STETTLER@coyote.cfr.washington.edu
  453.      Last_update : Sept. 1993
  454.  
  455.      Database : ?
  456.      PI : Scott Chasalow
  457.      Species : Potato
  458.      Contact : Scottish Crop Institute, Dundee
  459.      Last_update : Sept. 1993
  460.  
  461.      Database : ?
  462.      PI : George Murphy
  463.      PI : David Flanders
  464.      Species : Arabidopsis thaliana
  465.      Contact : John Innes Center, Norwich, England
  466.      Last_update : Sept. 1993
  467.  
  468.      Database : ?
  469.      Species : Homo sapiens
  470.      Focus : Physical mapping of human chromosomes 22 and X
  471.      Curator : Ian Dunham
  472.      Contact : idunham@crc.ac.uk id1@sanger.ac.uk
  473.      PI : Ian Dunham
  474.      PI : David Bentley
  475.      Last_update : 28 Sep 1993
  476.  
  477.  
  478. ----------------------------------------------------------------------
  479. Q5:  What written documentation exists for ACEDB?
  480.  
  481.  
  482. A5:
  483.     From Sam Cartinhour:
  484.        The ACEDB Documentation Server is a repository for
  485.        documentation concerned with "A C. elegans Data Base",
  486.        the generic genome database software designed by
  487.        Richard Durbin (MRC, UK) and Jean Thierry-Mieg
  488.        (CNRS, France). The server is intended as a resource
  489.        for developers, curators, and end-users of all (not
  490.        just plant) databases derived from ace. Eventually
  491.        we hope to offer all kinds of documentation, from
  492.        reprints to (technical) gossip.  The ACEDB
  493.        documentation server is sponsored by the Plant Genome
  494.        Database Project at the National Agricultural Library
  495.        (USDA).  The documentation server is listed on the
  496.        home page for the Agricultural Genome World Wide Web
  497.        Server at http://probe.nalusda.gov:8000.
  498.  
  499.      Primary documents from the developers are:
  500.          acedb -- A C. elegans Database: I. Users' Guide.
  501.          acedb -- A C. elegans Database: II. Installation Guide.
  502.          acedb -- A C. elegans Database: III. Configuration Guide.
  503.          Syntactic Definitions for the ACEDB Data Base Manager
  504.              --Jean Thierry-Mieg and Richard Durbin (1991-)
  505.      
  506.      Get By anonymous ftp from ncbi.nlm.nih.gov (130.14.20.1)
  507.      in repository/acedb:
  508.         ftp://ncbi.nlm.nih.gov/respository/acedb/doc*tar.Z
  509.      And ftp://weeds.mgh.harvard.edu/acedb_doc
  510.      The files are in tex and postscript.  [I have had
  511.      some difficulty printing these.  Jean Thierry-Mieg
  512.      suggests latex xxxx.tex, dvi2ps xxxx.dvi > xxxx.ps, 
  513.      lpr xxxx.ps.]
  514.  
  515.      You will find interesting documents in the wdoc
  516.      subdirectory of the ACEDB distribution.
  517.  
  518.      Cherry, J.M., Cartinhour, S.W., and Goodman, H.M. (1992) AAtDB,
  519.      An Arabidopsis thaliana Database. Plant Molecular Biology Reporter
  520.      10 (4): 308-309,409-410
  521.  
  522.      Tutorial manual for AAtDB:
  523.      Cartinhour, S., Cherry, J.M., and Goodman, H.M. (1992) An
  524.      Introduction to ACeDB: For AAtDB, An Arabidopsis thaliana
  525.      Database. Massachusetts General Hospital. (Available on
  526.      request in printed form from the AAtDB curator).
  527.  
  528.      A description of ACEDB:
  529.      Cherry, J.M. and Cartinhour, S.W. (1993) ACEDB, A tool for
  530.      biological information. in Automated DNA Sequencing and
  531.      Analysis, edited by M.  Adams, C. Fields, and C. Venter.
  532.      Academic Press (in press).  [text is available through
  533.      ftp or gopher from weeds.mgh.harvard.edu]
  534.  
  535.      Another description of ACEDB for physical mapping projects:
  536.      Dunham, I., Durbin, R., Mieg, J-T & Bentley, D.R. (1993)
  537.      Physical mapping projects and ACEDB, in Guide to Human
  538.      Genome Computing. Ed.  Bishop, M.J.  (Academic Press)
  539.      (review, in press).  [text is available through ftp or
  540.      gopher from weeds.mgh.harvard.edu]
  541.  
  542. ----------------------------------------------------------------------
  543. Q6:  Where can I find further information about ACEDB?
  544.  
  545.  
  546. A6:  There is a Usenet/Biosci conference titled bionet.software.acedb.
  547.      If you do not have access to the Biosci conferences via a
  548.      newsreader (e.g. rn, trn) you can participate in the conference
  549.      by electronic mail.  To subscribe to the e-mail version of the
  550.      conference send email to biosci-server@net.bio.net (UK, European
  551.      readers use biosci@uk.ac.daresbury or biosci.daresbury.ac.uk) with
  552.      no subject line and only the message
  553.      
  554.            subscribe ACEDB-SOFT
  555.        
  556.      in the body.  To unsubscribe send the message
  557.      
  558.            unsubscribe ACEDB-SOFT
  559.        
  560.      to the same address.
  561.      This is an automated service.  Your e-mail address will be taken
  562.      from the header of the message that you send.  If you then send
  563.      mail to acedb@net.bio.net the mail will be distributed to all
  564.      subscribers and to the electronic conference.
  565.  
  566.      Mike Cherry has set up an ACEDB Developer's archive.  For
  567.      anonymous ftp use the hostname weeds.mgh.harvard.edu and look in
  568.      the acedb_dev directory. If you wish to contribute you can put
  569.      files in the incoming directory.  Send a message to Mike
  570.      (cherry@genome.stanford.edu) that you have put something in that
  571.      directory then Mike will move it out for general access.
  572.      For gopher you can connect to weeds.mgh.harvard.edu
  573.      (132.183.190.21) and ...
  574.      
  575.         -->  N.  FTP Archives for Molecular Biology/
  576.     
  577.      then
  578.      
  579.         -->  M.  ACEDB Developer's archive/
  580.     
  581.      [N and M are integers which are subject to change.]
  582.  
  583.      The bionet.software. acedb.conference is archived and can be
  584.      searched using WAIS.  Here is a Gopher-style link to the WAIS
  585.      archive. (This is also courtesy of Mike Cherry.):
  586.      
  587.           #
  588.           Type=7
  589.           Name=ACEDB BioSci Electronic Conference
  590.           Path=7/.index/acedb-biosci
  591.           Host=genome-gopher.stanford.edu
  592.           Port=70
  593.      
  594.  
  595.      The AAtDB, Soybase, GrainGenes, Mace, and TreeGenes [see Q4]
  596.      databases regularly submit data to the Plant Genome Database
  597.      at the National Agricultural Library (NAL).  Nal makes this
  598.      data available via the WWW using an http server with URL:
  599.          
  600.          http://probe.nalusda.gov:8000/index.html
  601.      
  602.      You will also find a selection of models.wrm files (schemata)
  603.      for the various databases here.  You will want to get a
  604.      "mosaic client" to examine this.
  605.  
  606.      Other URL's that readers with mosaic clients might want to
  607.      examine are:
  608.         
  609.         http://moulon.inra.fr/acedb/acedb.html for C. elegans data
  610.     
  611.         
  612.         http://moulon.inra.fr/acedb/mycdb.html for Mycobacterium data
  613.     
  614.         
  615.         http://moulon.inra.fr:8001/acedb/igd.html for an integrated
  616.             genome database.
  617.         
  618.     
  619.  
  620.      For information on how these were created see
  621.         
  622.         http://moulon.inra.fr/acedb_conf_eng.html
  623.     
  624.         
  625.         http://moulon.inra.fr/acedb_conf.html (en francais)
  626.     
  627.  
  628.      The Genome Computing Group, Lawrence Berkeley Laboratory
  629.      has an anonymous ftp service at machine genome.lbl.gov
  630.      (131.243.224.80) which contains: 
  631.           flydb - LBL's Drosophila Acedb-style database
  632.           21bdb - LBL's Human Chromosome 21 Acedb-style database
  633.           querdb - LBL's query-language extensions to Acedb 
  634.           metadata - LBL's compendium of Acedb database schema variants
  635.           macace-aatdb-demo.hqx  -  pre-release Acedb MacIntosh version
  636.           There is also a repository of contributed software for
  637.           data conversions and the like.
  638.       
  639.  
  640.      Computer staff for the UC Berkeley Drosophila physical mapping
  641.      project the LBL Human Chromosome 21 project, and the LBL plant
  642.      genome projects meet regularly to coordinate their ACEDB
  643.      extension and development efforts, along with Frank Eeckman,
  644.      who is working on the Macintosh version of ACEDB (for further
  645.      information, contact jlmccarthy@lbl.gov). They also keep in
  646.      close touch (via email, personal visits, etc.) with their
  647.      counterparts in Cambridge (Richard Durbin et al), Montpellier 
  648.      Jean Thierry-Mieg et al), and the Interated Genome Database
  649.      project in Heidelburg (Otto Ritter, Detlef Wolf et al).
  650.  
  651. ----------------------------------------------------------------------
  652. Q7:  How should ACEDB be cited?
  653.  
  654.  
  655. A7:  From the distribution:
  656.  
  657.         We realize that we have not yet published any "real" paper on
  658.         ACEDB.  We consider however that anonymous ftp servers are a
  659.         form of publication. We would appreciate if users of ACEDB
  660.         could quote:
  661.             Richard Durbin and Jean Thierry Mieg (1991-). A C. elegans
  662.             Database.  Documentation, code and data available from
  663.             anonymous FTP servers at lirmm.lirmm.fr,
  664.             cele.mrc-lmb.cam.ac.uk and  ncbi.nlm.nih.gov.
  665.  
  666.         Papers involved in database development could quote more
  667.         precisely:
  668.            I.   Users' Guide. Included as part of the ACEDB distribution
  669.          kit,
  670.            II.  Installation Guide. Included as part of the ACEDB
  671.          distribution
  672.            III. Configuration Guide. Included as part of the ACEDB
  673.          distribution
  674.  
  675.         and the preprintkit, available by Anonymous FTP from ...
  676.            Jean Thierry-Mieg and Richard Durbin (1992). Syntactic
  677.            Definitions for the ACEDB Data Base Manager. Included as
  678.            part of the ACEDB distribution.
  679.  
  680.              --Jean and Richard.
  681.  
  682. ----------------------------------------------------------------------
  683. Q8: Is ACEDB object-oriented?
  684.  
  685.  
  686. A8: From the ACEDB User's Guide.
  687.  
  688.     A major current vogue in computer languages and database design
  689.     is for ``object-oriented'' systems.  It's also a source of lots
  690.     of argument.  We are just trying to build a good system, and
  691.     don't want to get caught in the crossfire, but we do talk about
  692.     organising our data into objects and classes.  We have undoubtedly
  693.     been influenced by many of the ideas going around, but it isn't
  694.     likely our system would be regarded as kosher by the object-
  695.     oriented community.  In particular there is no class hierarchy, nor
  696.     inheritance, and it is written in a modular but non-ideological way
  697.     in straight C. However display and disk storage methods are class
  698.     dependent.
  699.  
  700.     In some ways the class hierarchy is replaced by our system of
  701.     models and trees, which seems to be rather unusual.  We think it
  702.     is very natural for the representation of biological information,
  703.     where for some members of a class a lot might be known about some
  704.     aspect, but for most only a little is known.
  705.  
  706.     The advantages of our sytem over a relational database, such as
  707.     Oracle or Sybase, is our ability to refine our descriptions without
  708.     rebuilding the database and the possibility of organising the
  709.     storage of data on disk according to their class, i.e. we store in
  710.     a very different way the tree-objects and the long stretches of
  711.     DNA sequence.
  712.  
  713. ----------------------------------------------------------------------
  714. Q9:  What's all this about Gopher/WAIS/ftp/WWW ...
  715.  
  716.  
  717. A9:  These terms all refer to Internet protocols.
  718.      An excellent introduction to the Internet is:
  719.        _The Whole Internet User's Guide & Catalog_,
  720.        by Ed Krol, O'Reilly & Associates, 1992.
  721.      Or ask your system administrator to provide you with
  722.      a gopher client or mosaic client and begin navigating
  723.      on your own. 
  724.  
  725.      URL is a Universal Resource Locator on the World-Wide
  726.      Web (WWW).  There are many free Internet browsers
  727.      available that allow you to use an Internet connection
  728.      and a URL to access services.  Mosaic may be the
  729.      most popular and it is available for Mac, PC or Unix
  730.      via anonymous ftp from ftp.ncsa.uiuc.edu.
  731.  
  732. ----------------------------------------------------------------------
  733. Q10: How can I get on/off the ACEDB announcements mailing list?
  734.  
  735.  
  736. A10: To get on or off the mailing list send mail to
  737.      rd@mrc-lmb.cam.ac.uk or mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr.
  738.      New releases of the software are announced to
  739.      this list.
  740.  
  741. ----------------------------------------------------------------------
  742. Q11: When and where is the Next ACEDB Workshop?
  743.  
  744.  
  745.     From Jean Thierry-Mieg:
  746.      DATES:
  747.      The acedb '94 workshop will be held july 2 to 16, in Saint Matthieu
  748.      de Treviers, a small village, 20 km north of Montpellier, at the
  749.      foot of the Pic Saint Loup.
  750.  
  751.      HOUSING:
  752.      We have booked a place meant for family vacations which includes
  753.      ample space, a nice conference room and ten studios meant for 5
  754.      people (bathroom, shower, kitchenette, terrace, all nice and clean)
  755.      that we plan to share among 3 to 4 participants.  Meals will be
  756.      taken at a local restaurant.
  757.  
  758.      The place is ideal for work and informal discussions and will be
  759.      well equiped with computers. The situation is nice for hiking and
  760.      allows volley-ball, ping-pong, tennis and petanque.
  761.  
  762.      We can provide lists of possible hotels for those who would prefer
  763.      more privacy or find ways of accomodating families if you let us
  764.      know very soon (school ends early july in France).
  765.  
  766.      Cost for 2 weeks is 1000 FF (about 200 US dollars) for housing on
  767.      site plus 2500 FF for full meals. We may get enough funding to
  768.      reduce this cost, but cannot pay for travel.
  769.  
  770.      PROGRAM:
  771.      Formal presentations and general discussions will take place in the
  772.      mornings and the evenings, alternating network aspects, data handling,
  773.      displays and genome data analaysis.
  774.  
  775.      The afternoons will be dedicated to data manipulation, programming
  776.      and writing documentation. The idea is to actually implement during
  777.      the meeting many of the ideas that will come up, to fuse and
  778.      coallesce the now numerous acedb-based applications into a working
  779.      modular package, and to import and consolidate large sets of
  780.      additional data.
  781.  
  782.      Towards this goal, we will broadcast the following announcement
  783.  
  784.      ACEDB'94 Genome Database Workshop.
  785.  
  786.      Montpellier, July 2-16, 1994
  787.  
  788.      This meeting will cover the use and development of the 
  789.      ACEDB database manager central to several major genome projects,
  790.      including C.elegans, A.thaliana, human, and a number of
  791.      other plant and animal species. 
  792.  
  793.      We wish to encourage people with large sets of data on other
  794.      organisms to attend this workshop. They will be helped to build,
  795.      during the meeting, a friendly graphic presentation of their own
  796.      data, in return for discussing their own experience.
  797.  
  798.      *******************************************************************
  799.  
  800.      FORMAT:
  801.      This meeting will be much longer than the 2 previous acedb workshops
  802.      (Cambridge 92 and Boston 93), in the hope of initiating new
  803.      collaborations and allowing concrete results. This format is usual in
  804.      physics summer schools and often very productive.
  805.      
  806.      The workshop may be coupled to a 2 days presentation of acedb, open
  807.      to the general audience, and yet to be organised.
  808.      
  809.      We anticipate at least the participation of people from: Berkeley,
  810.      Boston, Cambridge, Heidelberg and Montpellier, including Richard
  811.      Durbin (LMB and Sanger Centre, Cambridge), John McCarthy (LBL,
  812.      Berkeley), Otto Ritter (DKFZ, Heidelberg), Danielle and Jean
  813.      Thierry-Mieg (CNRS, Montpellier).
  814.  
  815.      Please confirm your participation and forward this announcement to
  816.      your colleagues.
  817.  
  818.      Danielle and Jean Thierry-Mieg 
  819.      CNRS-CRBM
  820.      BP 5051,
  821.      34033  Montpellier, France.
  822.  
  823.      email mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr
  824.       (if this address fails, fall back on mieg@ncbi.nlm.nih.gov)
  825.  
  826.      Tel: (33) 67 61 33 24
  827.      Fax: (33) 67 52 15 59
  828.  
  829. ----------------------------------------------------------------------
  830. Q411:Who prepared this document & where is the current version?
  831.  
  832.  
  833.     [Note to international readers: 411 is the phone number for
  834.     information in the USA. --bks]
  835.  
  836. This version of the FAQ represents an attempt to bring
  837. an html version and a plain text version into congruence.  Please
  838. let me know of any new errors that I may have introduced, and
  839. bear with me through the changeover.  Thanks. --bks
  840.  
  841.     This document will be posted monthly to the BIOSCI newsgroup
  842.     bionet.software.acedb and to USENET conference news.answers.
  843.     It is intended to be used as an index to ACEDB databases and
  844.     to information about the database software.
  845.  
  846.     The latest version of the ACEDB FAQ should be available via
  847.     anonymous ftp at machine net.bio.net (134.172.2.69) as
  848.     file pub/BIOSCI/ACEDB/ACEDB.FAQ or at rtfm.mit.edu
  849.     (18.70.0.209) as pub/usenet/news.answers/acedb-faq. Answer 3
  850.     demonstrates a sample FTP session.  If you only have
  851.     electronic mail, the FAQ can be retrieved from
  852.     mail-server@rtfm.mit.edu.
  853.  
  854.     There is an HyperText Markup Language (HTML) version of this
  855.     document available on the World Wide Web:
  856.         http://probe.nalusda.gov:8000/plant/acedbfaq.html
  857.     [Until I get more familiar with HTML, it may not be totally
  858.      synchronized with the plain FAQ. --bks]
  859.  
  860.     Curators of ACEDB databases should take note of Question 4 and
  861.     keep me apprised of changes.
  862.  
  863.     Errors of commission or omission are unintentional.  If I have
  864.     forgotten to give you credit please let me know.  Please
  865.     send comments and corrections to: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  866.  
  867.     Major contributions in getting this FAQ off the ground
  868.     were made by John McCarthy and Mike Cherry.  Other
  869.     contributors include:
  870.  
  871.         Lisa Lorenzen
  872.         David Matthews
  873.         Edie Paul
  874.         Donn Davy
  875.         Eric De Mund
  876.         Sam Cartinhour
  877.  
  878.  
  879.     Please cite as:
  880.       Sherman, Bradley K. (1994) "ACEDB Genome Database FAQ."
  881.       Usenet news.answers.  Available via Universal Resource
  882.       Locator ftp://rtfm.mit.edu/pub/usenet/news.answers/acedb-faq
  883.  
  884.     To add or modify information in this document, please
  885.     send mail to: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  886.  
  887.       
  888.       Bradley K. Sherman
  889.       Dendrome Project                
  890.       Institute of Forest Genetics    
  891.       P.O. Box 245, Berkeley, CA, 94701
  892.       Phone: 510-559-6437 Fax: 510-559-6440  
  893.       
  894.  
  895.     The Dendrome Project and TreeGenes are funded by the
  896.     USDA ARS Plant Genome Research Program.
  897.  
  898.           --bks
  899. ---------------------End of file acedb-faq----------------------------
  900.